Michael Waidner ist seit Ende 2010 Professor für Informatik an der Technischen Universität Darmstadt und Institutsleiter des Fraunhofer SIT. Seit Anfang 2019 ist er zudem der Gründungsdirektor des Nationalen Forschungszentrums für angewandte Cybersicherheit ATHENE, und seit 2016 Gastprofessor an der Hebräischen Universität von Jerusalem in Israel.
Von Mitte 1994 bis Ende 2010 war Michael Waidner in verschiedenen Fach- und Führungspositionen bei der IBM Corporation tätig, bis Anfang 2006 bei IBM Research in Rüschlikon, Schweiz, anschließend in der IBM Zentrale in New York. Vor seinem Wechsel nach Darmstadt war er als IBM Distinguished Engineer und Chief Technology Officer für Cybersicherheit der Vorsitzende des IBM Security Architecture Board und verantwortlich für die technische Strategie des Unternehmens im Bereich Cybersicherheit. Er war zudem gewähltes Mitglied der IBM Academy of Technology.
Michael Waidner ist Erfinder von 25 Patenten und Autor von über 160 Artikeln in wissenschaftlichen Konferenzen und Zeitschriften. Er schreibt zudem regelmäßig Artikel für die breitere Öffentlichkeit, z.B. für die Frankfurter Allgemeine Zeitung FAZ und den Tagesspiegel Background. Seit Anfang 2024 ist er Editor-in-Chief der ACM Transactions on Privacy and Security, einer der führenden Fachzeitschriften im Bereich Cybersicherheit.
Er ist Mitglied der Deutschen Akademie der Technikwissenschaften acatech, Fellow des Institute of Electrical and Electronics Engineers IEEE, Distinguished Scientist der Association for Computing Machinery ACM sowie Mitglied in diversen Beratungsgremien für Wirtschaft und Politik.